De plus, il existe une classification de decks à partir de leur fonctionnement. Assez subjective, elle ne relève pas de règles officielles mais découle de l'expérience des joueurs et beaucoup de decks pourront entrer dans plusieurs catégories. Néanmoins, on peut relever les plus classiques :

Les decks aggro sont basés sur des créatures qui peuvent tuer l'adversaire en attaquant. On distingue parmi les decks aggro les weenies qui ne comprennent que des petites créatures (maximum 3 manas) mais en nombre conséquent.

Les decks contrôle sont basés sur des cartes qui ralentissent le développement du deck adverse, c'est-à-dire des anti-créatures, des contresorts et des sorts qui obligent à défausser (Colère de Dieu, Retour au pays, Contresort, Force de Volonté, Mana Drain, Mutilation, Contrainte), et des cartes qui atteignent directement ses points de vie, une fois que la partie est avancée (Psychatog, Morphelin, Ange exalté, Colosse de sombracier, Eveil brusque, Dents et Ongles). Ces decks sont lents à mettre en place et ils peuvent avoir du mal à supporter les decks jouables rapidement comme les decks aggro.

Les decks combo sont basés sur des cartes qui tirent leur efficacité en étant combinées entre elles (ex : Donation et Illusions de grandeur). En général, ils peuvent gagner très rapidement selon le tirage des cartes (plus rapidement que les decks aggro), mais sont sensibles à toute forme de contrôle.

Autres archétypes : decks casse-terrain (qui détruisent les terrains de l'adversaire), decks blast (qui s'attaquent directement aux points de vie de l'adversaire sans utiliser des créatures avec des cartes comme Foudre ou Choc ou Hache de lave...), deck meule (qui vident la bibliothèque de l'adversaire avec des cartes comme Aperçu de l'inimaginable, Meule), si le joueur ne peut plus piocher, il perd la partie, decks cimetière (qui consiste à faire une défausse de la bibliothèque au cimetière de très grosses créatures (dont la force d'attaque et de défense sont élevé mais aussi le prix de l'invocation) grâce à des sort comme enterré vivant et de les faire "remonter en jeu" grâce a des sort tel que réanimer sans payer le cout d'invocation.)

Il est important de remarquer les mélanges de types très vicieux tels que le casse-terrain-meule ou le défausse-casse-terrain qui empêche véritablement l'adversaire de jouer avant de le faire vraiment perdre : sans terrain, le nombre d'actions est très limité et combiné au manque de cartes en main ou au vidage de la bibliothèque, le résultat peut être dévastateur. Ces mélanges ont rencontré un vif succès auprès des champions pendant un temps.